En un pequeño pueblo costero, un niño llamado Sosuke descubre a una extraordinaria criatura marina mientras juega cerca de un acantilado. Esta criatura es una pequeña pez dorado con forma de niña, que anhela convertirse en humana. Dotada de la magia que le otorgan sus orígenes acuáticos, la niña se llama Ponyo y tiene un encantador espíritu de aventura. Sin embargo, su deseo de transformarse en humana desata una serie de acontecimientos que alteran el equilibrio entre el mundo del mar y el mundo terrestre.
Sosuke, fascinado por la encantadora Ponyo, promete protegerla, pero cuando su deseo de ser humano provoca un cambio drástico en el entorno, los océanos comienzan a desbordarse, amenazando con inundar su hogar. La vida marina, en respuesta a los cambios que ha provocado, se vuelve caótica y mágica. Así, Sosuke y Ponyo se embarcan en una travesía llena de peligros, donde aprenderán sobre la amistad, el amor y la valentía.
A medida que Ponyo se adapta a su nueva vida, también descubre las complicadas relaciones que existen entre los seres humanos y la naturaleza. Enfrentando desafíos, incluidos seres enigmáticos que desean restaurar el orden natural, los dos amigos se verán obligados a encontrar una manera de salvar su mundo y mantener su vínculo intacto. Esta historia de magia y aventura nos recuerda la importancia de cuidar nuestro entorno y valorar las conexiones que hacemos a lo largo de la vida.