Con el último bote del Oozze, Shredder quiere crear un ejército de nuevos mutantes. Así que Las Tortugas y Shredder deben luchar una vez más, junto con la periodista Abril y el joven repartidor de pizzas, Keno.

Después de haber sido contaminadas con una misteriosa sustancia química, llamada Ooze, cuatro tortugas mutantes, Leonardo, Miguel Ángel, Donatello y Rafael, entrenadas por su mentor en ninjitsu, el Maestro Splinter, deben aprender a trabajar juntos para enfrentar la amenaza de Shredder y el Clan del Pie.

Un joven busca al "maestro" para obtener el nivel final de dominio de las artes marciales conocido como el resplandor. En el camino, debe luchar contra un malvado experto en artes marciales y rescatar a un hermoso cantante de un obsesivo promotor de música.

La malvada reina Gedren arrasa la aldea de Hablac, llevándose con ella un talismán que le ofrece gran poder. Sonja es la hermana de la guardiana del talismán, asesinada durante el asalto. En busca de venganza, inicia un viaje para recuperar el talismán y asesinar a Gedren. Kalidor la sigue para cuidar de ella, pese a que ello entraña un gran riesgo, debido a la atracción que existe entre ambos, y a que los poderes de Sonja tienen una debilidad: desaparecerán si pierde su virginidad.