En una vibrante Nueva York, las tortugas ninjas, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, continúan su lucha contra el crimen y la delincuencia, mientras disfrutan de una vida de aventuras y pizza. Sin embargo, su tranquilidad se ve amenazada cuando un nuevo peligro emerge de las sombras. Después de que un misterioso e inquietante compuesto conocido como "el ooze" entra en escena, dos villanos clásicos se reencuentran: el temible Shredder ha vuelto, esta vez con un nuevo aliado, el formidable Tokka y Rahzar, unas criaturas mutantes creadas a partir del mismo material que le dio vida a las tortugas.
Con su hogar en peligro y la ciudad sumida en el caos, las tortugas deben unir fuerzas nuevamente para detener al mal. Mientras Donatello intenta descifrar el secreto del ooze para revertir la mutación de sus enemigos y proteger a sus seres queridos, sus hermanos deben afrontar no solo a los villanos, sino también las dudas y desafíos que vienen con la adolescencia. Desde cómicas peleas en la azotea hasta emocionantes encuentros en las alcantarillas, la banda de amigos se embarca en una misión cargada de acción, risas y un fuerte mensaje sobre la familia y la aceptación.
Con la ayuda de April O'Neil y el valiente Casey Jones, las tortugas están listas para demostrar que, a pesar de los obstáculos, siempre hay una salida cuando se trabaja en equipo.