En una vibrante Nueva York, las tortugas ninjas, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, continúan su lucha contra el crimen y la delincuencia, mientras disfrutan de una vida de aventuras y pizza. Sin embargo, su tranquilidad se ve amenazada cuando un nuevo peligro emerge de las sombras.

En un mundo donde la imaginación es la clave para la supervivencia, la mágica tierra de Fantasía se encuentra en peligro una vez más. Después de la heroica aventura de Atreyu, la historia se centra en un nuevo protagonista: un joven llamado Bastian, quien, tras escapar de su monótono mundo real, se sumerge en las páginas de un libro mágico. Sin embargo, esta vez, la amenaza es aún más grande, ya que un malvado poder ha comenzado a consumir Fantasía.