En un mundo donde la oscuridad y la desesperanza comenzan a tomar forma, las Tortugas Ninja, ese legendario cuarteto de guerreros mutantes, están pasando por tiempos difíciles. Luego de la derrota de su archienemigo Shredder, Leonardo se ha retirado a un entrenamiento solitario en América del Sur, convencido de que necesita aprender a ser un líder aún mejor. Mientras tanto, Donatello, Rafael y Michelangelo se han quedado en Nueva York, llevando una vida más normal entre los suburbios y los callejones, pero la nostalgia y la falta de propósito comienzan a desgastarlos.
