Después de la derrota de su antiguo archienemigo, Shredder, las Tortugas se han distanciado como familia. Pero una vez que las tortugas se volvieron a juntarse, comienzan a suceder extrañas sucesos en la ciudad de Nueva York.

Con el último bote del Oozze, Shredder quiere crear un ejército de nuevos mutantes. Así que Las Tortugas y Shredder deben luchar una vez más, junto con la periodista Abril y el joven repartidor de pizzas, Keno.