En una tranquila y olvidada ciudad de California, un humano llamado Gary, junto a su novia Mary, decide hacer un viaje a Los Ángeles para celebrar su décimo aniversario. Sin embargo, Gary tiene un secreto que no ha compartido: es un gran fan de los Muppets, especialmente de su amigo Kermit. Mientras exploran la ciudad, Gary descubre que el antiguo estudio de los Muppets está en peligro de ser demolido por un avaro magnate llamado Tex Richman, quien planea extraer petróleo del lugar.

En una vibrante Nueva York, las tortugas ninjas, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, continúan su lucha contra el crimen y la delincuencia, mientras disfrutan de una vida de aventuras y pizza. Sin embargo, su tranquilidad se ve amenazada cuando un nuevo peligro emerge de las sombras.

En las oscuras alcantarillas de Nueva York, cuatro tortugas mutantes adolescentes están a punto de convertirse en los héroes que la ciudad no sabía que necesitaba. Criadas por su sentidoi, el ratón ninja Splinter, estas criaturas inusuales—Leonardo, Raphael, Michelangelo y Donatello—han pasado la mayor parte de su vida entrenando en artes marciales, preparándose para defender su hogar de una creciente amenaza criminal.