Con el último bote del Oozze, Shredder quiere crear un ejército de nuevos mutantes. Así que Las Tortugas y Shredder deben luchar una vez más, junto con la periodista Abril y el joven repartidor de pizzas, Keno.

Después de haber sido contaminadas con una misteriosa sustancia química, llamada Ooze, cuatro tortugas mutantes, Leonardo, Miguel Ángel, Donatello y Rafael, entrenadas por su mentor en ninjitsu, el Maestro Splinter, deben aprender a trabajar juntos para enfrentar la amenaza de Shredder y el Clan del Pie.

Billy y Danny son dos policías de NY que investigan un caso de secuestro que conduce sus pesquisas hacia Hong Kong. Lo que en principio parecía un simple caso de secuestro se convierte en una carrera para descubrir una conspiración y un caso de tráfico de drogas.