Cuando un antiguo artefacto japonés es descubierto en Nueva York, las Tortugas Ninja se ven envueltas en una aventura épica a través del tiempo. Todo comienza cuando Splinter, el maestro y figura paternal del grupo, es transportado al Japón feudal después de que las tortugas intentan salvar a su amigo April O'Neil, quien está en peligro debido a su curiosidad por el misterioso objeto.
Las tortugas, Leonardo, Donatello, Michelangelo y Raphael, deciden seguir a su amigo y rescatar a Splinter. Al llegar a la era samurái, se encuentran en medio de un conflicto entre un noble guerrero y un tirano opresor. Las tortugas deben adaptarse rápidamente a las costumbres y la cultura de esta época mientras luchan contra una banda de guerreros ninja y otros peligros que amenazan el equilibrio del tiempo.
Con la ayuda de aliados inesperados, como un joven samurái y una princesa valiente, las tortugas se embarcan en una misión para salvar tanto a Splinter como a la tierra que ahora llaman hogar por un tiempo. A medida que se enfrentan a batallas épicas y desafíos emocionantes, la lealtad entre hermanos y el valor de la amistad se ponen a prueba, llevando a las Tortugas a descubrir lo que realmente significa ser un héroe en cualquier época. Con humor, acción y luchas impresionantes, esta aventura asegura que las tortugas siempre estarán listas para el combate, sin importar en qué época se encuentren.