Cuando un antiguo artefacto japonés es descubierto en Nueva York, las Tortugas Ninja se ven envueltas en una aventura épica a través del tiempo. Todo comienza cuando Splinter, el maestro y figura paternal del grupo, es transportado al Japón feudal después de que las tortugas intentan salvar a su amigo April O'Neil, quien está en peligro debido a su curiosidad por el misterioso objeto.