Con el último bote del Oozze, Shredder quiere crear un ejército de nuevos mutantes. Así que Las Tortugas y Shredder deben luchar una vez más, junto con la periodista Abril y el joven repartidor de pizzas, Keno.

Después de haber sido contaminadas con una misteriosa sustancia química, llamada Ooze, cuatro tortugas mutantes, Leonardo, Miguel Ángel, Donatello y Rafael, entrenadas por su mentor en ninjitsu, el Maestro Splinter, deben aprender a trabajar juntos para enfrentar la amenaza de Shredder y el Clan del Pie.