En una calurosa y nostálgica verano japonés, seguimos a un niño llamado Kikujiro, quien se siente un tanto solo y anhelante de perderse en un mundo lleno de aventuras. Su madre, muy ocupada con su trabajo, lo deja al cuidado de su abuela, lo que intensifica su sentimiento de abandono. Sin embargo, la vida del pequeño da un giro inesperado cuando se cruza con la peculiar figura de un hombre adulto llamado Kikujiro, que parece ser todo lo opuesto a lo que uno esperaría de un cuidador.

En un oscuro y perturbador mundo de experimentos médicos, un grupo de jóvenes desprevenidos se convierte en el objetivo de una ciencia desquiciada. En un intento por escapar de la rutina de la vida diaria, deciden asistir a una inquietante reunión organizada por un misterioso doctor en un laboratorio aislado. Sin embargo, lo que parecía ser una simple charla sobre avances científicos pronto se transforma en una pesadilla viviente.