En esta divertida y tierna secuela, la familia Newton vive una vida apacible con su amado San Bernardo, pero todo cambia cuando aparece una inesperada noticia: Beethoven va a ser papá. La historia comienza con la relación de la familia desbordando de alegría y travesuras, pero cuando Beethoven se encuentra con una hermosa perra llamada Brigitte, los problemas no tardan en llegar. Mientras Beethoven se dedica a conquistar el corazón de su nueva amiga, la casa se convierte en un caos total, especialmente cuando los cachorros, adorables y traviesos, hacen su gran entrada.

En una sorprendente mezcla de comedia y política, un hombre común llamado Dave Kovic, que se parece asombrosamente al presidente de Estados Unidos, es reclutado para un papel inesperado. Cuando el mandatario sufre un colapso por un infarto, un grupo de asesores decide que la mejor solución es usar a Dave como su doble, manteniendo la apariencia de que el presidente sigue al mando mientras se recupera en secreto. Aunque al principio Dave se siente abrumado por la situación, poco a poco comienza a disfrutar de los lujos y la atención que conlleva el cargo.

En una tranquila suburbia, la familia Newton lleva una vida bastante normal, hasta que un día, su día a día se ve interrumpido por la llegada de un enorme y travieso perro de San Bernardo. Al principio, papá George no está nada convencido de la nueva adición a la familia, ya que lo ve como una molestia y un posible desastre. Pero poco a poco, el adorable Beethoven se gana el corazón de todos los miembros de la familia, incluyendo a la momia, la esposa de George, y a los hijos, especialmente a la más pequeña, Emily.

En una travesía improvisada, Charlie Babbitt, un joven vendedor de coches, descubre que su difunto padre, al que apenas conocía, ha dejado una fortuna inesperada. Sin embargo, la herencia no es lo que esperaba: la mayor parte está destinada a su hermano mayor, Raymond, un autista con habilidades excepcionales para los números. Desesperado por acceder a su parte de la herencia, Charlie secuestra a Raymond de la residencia donde vive.