La película narra la historia de FernGully, una selva tropical cerca del "Monte Peligro", Australia. Una curiosa hada llamada Crysta ve una parte del mundo que nunca había visto más allá de la copa de los árboles y piensa que los seres humanos habitan en la montaña cercana. Pero el sabio espíritu del bosque y figura materna para Crysta, Maga Luna, dice que los seres humanos están extintos.