En un mágico y vibrante bosque tropical, un pequeño hada llamada Crysta descubre que su hogar, un lugar lleno de vida y color, está en grave peligro. La expansión de la industrialización amenaza con arrasar su mundo de belleza natural y sus habitantes. Desesperada por salvar su hogar, Crysta se embarca en una aventura que la llevará a conocer a un humano llamado Zak, quien accidentalmente se adentra en el bosque tras ser reducido de tamaño por el polvo mágico que ella utiliza.
Juntos, Crysta y Zak forman un inesperado dúo en su lucha contra el malvado espíritu de la destrucción, Hexxus, que se alimenta de la contaminación y la desolación. A medida que Crysta le muestra a Zak lo maravillosa que es la naturaleza, él comienza a comprender la importancia de protegerla y se convierte en un aliado clave en la batalla por salvar FernGully.
A través de vibrantes animaciones y personajes entrañables como el sabio e ingenioso pájaro Batty y la adorable comunidad de criaturas del bosque, la historia aborda temas de ecología y conciencia ambiental de una manera entretenida y encantadora. Zak se dará cuenta de que no solo lucha por el futuro de FernGully, sino también por su propio sentido de conexión con la naturaleza. Entre aventuras emocionantes y momentos entrañables, se hace evidente que cada pequeño acto puede marcar una gran diferencia en la preservación del mundo natural.