En un mundo donde los Pokémon y los humanos conviven, Ash y sus amigos se embarcan en una aventura que cambiará la forma en que ven a estos adorables monstruos. Después de recibir una invitación misteriosa para asistir a un experimento científico en una isla secreta, el grupo se encuentra con Mewtwo, un Pokémon poderoso y enigmático creado a partir del ADN de Mew. Mewtwo ha sido diseñado para ser el Pokémon más fuerte del mundo, pero también ha sido víctima de un cruel experimento que lo ha dejado con profundas inseguridades sobre su existencia y propósito.
