En un mundo donde los Pokémon y los humanos conviven, Ash y sus amigos se embarcan en una aventura que cambiará la forma en que ven a estos adorables monstruos. Después de recibir una invitación misteriosa para asistir a un experimento científico en una isla secreta, el grupo se encuentra con Mewtwo, un Pokémon poderoso y enigmático creado a partir del ADN de Mew. Mewtwo ha sido diseñado para ser el Pokémon más fuerte del mundo, pero también ha sido víctima de un cruel experimento que lo ha dejado con profundas inseguridades sobre su existencia y propósito.
Sin embargo, en su búsqueda de respuestas, Mewtwo desarrolla un resentimiento hacia los humanos, a quienes culpa por su sufrimiento. Decidido a demostrar su superioridad, Mewtwo captura a varios Pokémon y desafía a Ash y sus amigos a una batalla épica. A medida que se desata el conflicto, Ash se da cuenta de que tras la rabia de Mewtwo se oculta un profundo dolor y una lucha por entender su propia identidad en un mundo donde todos parecen tratarlo como un mero experimento.
Al final, la película aborda temas profundos sobre la creación, la identidad y lo que significa ser un ser vivo con emociones. Ash y sus amigos deben encontrar la manera de detener a Mewtwo, no solo para proteger a sus Pokémon, sino también para ayudar a un ser que solo busca encontrar su lugar en el mundo.