En un mundo donde los Pokémon y los humanos coexisten, la historia se centra en Mewtwo, un Pokémon legendario creado en un laboratorio a partir de ADN de Mew, que descubre que es un experimento y una creación artificial. Sin embargo, Mewtwo no solo es poderoso, sino también consciente de su propio sufrimiento y de la injusticia que enfrenta. Después de sentirse traicionado por sus creadores, decide escapar, buscando su lugar en un mundo que lo ve como un mero objeto.

En el Japón feudal del siglo XIX, un grupo de samuráis se une en una misión casi suicida para enfrentarse a un poderoso y cruel señor feudal. Todo comienza cuando un funcionario del shogunato descubre los horrores perpetrados por el despiadado daimyo Naritsugu. Con una reputación de brutalidad y una serie de asesinatos a su paso, Naritsugu amenaza con desestabilizar la paz del país. Tras la conmoción causada por sus atrocidades, el funcionario convoca a un noble samurái, Shinzaemon, quien es conocido por su valor y honor.

En un mundo devastado por una crisis energética y la sombra del pasado, nos encontramos con Cloud Strife, un exmercenario atormentado por sus remordimientos y la culpa por las cicatrices que dejó la guerra. Han pasado dos años desde la épica batalla contra Sephiroth, pero el eco de aquel conflicto aún resuena en la vida de Cloud, quien se ha recluido en su propio dolor, intentando encontrar la paz en un mundo que sigue en reconstrucción.

En un mundo donde los Pokémon y los humanos conviven, Ash y sus amigos se embarcan en una aventura que cambiará la forma en que ven a estos adorables monstruos. Después de recibir una invitación misteriosa para asistir a un experimento científico en una isla secreta, el grupo se encuentra con Mewtwo, un Pokémon poderoso y enigmático creado a partir del ADN de Mew. Mewtwo ha sido diseñado para ser el Pokémon más fuerte del mundo, pero también ha sido víctima de un cruel experimento que lo ha dejado con profundas inseguridades sobre su existencia y propósito.