En un mundo donde los Pokémon y los humanos coexisten, la historia se centra en Mewtwo, un Pokémon legendario creado en un laboratorio a partir de ADN de Mew, que descubre que es un experimento y una creación artificial. Sin embargo, Mewtwo no solo es poderoso, sino también consciente de su propio sufrimiento y de la injusticia que enfrenta. Después de sentirse traicionado por sus creadores, decide escapar, buscando su lugar en un mundo que lo ve como un mero objeto.
En su viaje, Mewtwo se encuentra con Ash Ketchum y sus amigos, quienes intentan comprender su dolor y ayudarlo. Pero no todo es paz y reflexiones; las cosas se complican cuando Mewtwo decide que la única forma de liberarse del dolor del rechazo es enfrentarse a la humanidad. Con la ayuda de su ejército de Pokémon clonados, desata una batalla épica en un intento por demostrar que los Pokémon son más valiosos que sus entrenadores, desafiando el orden establecido de la relación entre humanos y Pokémon.
La película muestra un enfoque introspectivo que invita a la reflexión sobre el valor de la vida, el libre albedrío y la conexión emocional entre seres vivos. A través de un viaje lleno de acción y momentos conmovedores, se exploran temas como la identidad, la soledad y la lucha por la aceptación, ofreciendo una nueva mirada a una historia clásica que ha resonado en generaciones, todo ello con un toque de animación moderna que no deja de impresionar.