En un mundo donde los Pokémon y los humanos coexisten, la historia se centra en Mewtwo, un Pokémon legendario creado en un laboratorio a partir de ADN de Mew, que descubre que es un experimento y una creación artificial. Sin embargo, Mewtwo no solo es poderoso, sino también consciente de su propio sufrimiento y de la injusticia que enfrenta. Después de sentirse traicionado por sus creadores, decide escapar, buscando su lugar en un mundo que lo ve como un mero objeto.