Una niña es adoptada por un matrimonio que no pueden tener hijos. La pequeña se comportará de manera inusual, de forma que su madre adoptiva contratará a un investigador para que descubra a los verdaderos progenitores de la niña.
El joven Lucas vive con su tía religiosa en una tranquila ciudad rural. Pero esta pequeña vida agitada es con los días contados cuando la tía caritativa anuncia la llegada de otro sobrino Mario, recién salido de la cárcel.
Mollie se ha quedado embarazada de un hombre casado. Entonces decide criar sola a su hijo y buscar para él un padre perfecto. Pero el niño tiene sus propias opiniones al respecto, y no se priva de hacer todo tipo de comentarios sobre los posibles candidatos. Él quiere como padre al taxista que le ayudó al nacer.
La película comienza con el nacimiento de la empresa del científico Seth Brundle (interpretado por Jeff Goldblum en la primera película). La mujer (que en la película de 1986 fue interpretada por Geena Davis) muere asustada dando a luz a una larva de una mosca en la que, sin embargo, hay un niño físicamente normal. Aunque no se nota en su nacimiento, el niño está sufriendo del síndrome de Brundle, y crece rápidamente, tanto física como intelectualmente. A los cinco años tiene ya la apariencia de un hombre de 25.
