En un futuro no muy lejano, la humanidad ha avanzado a pasos agigantados en la fusión de la biología y la tecnología. En este mundo cyberpunk, la línea entre lo humano y lo cibernético se difumina, y las oportunidades de hacking y control mental están a la orden del día. La protagonista es Motoko Kusanagi, una cyborg de élite y policía que pertenece a una unidad de operaciones especiales conocida como la Sección 9. Su misión es capturar a un misterioso hacker conocido como el "Puppet Master", que ha estado manipulado la mente de la gente para sus oscuros propósitos.