En un futuro no muy lejano, la humanidad ha avanzado a pasos agigantados en la fusión de la biología y la tecnología. En este mundo cyberpunk, la línea entre lo humano y lo cibernético se difumina, y las oportunidades de hacking y control mental están a la orden del día. La protagonista es Motoko Kusanagi, una cyborg de élite y policía que pertenece a una unidad de operaciones especiales conocida como la Sección 9. Su misión es capturar a un misterioso hacker conocido como el "Puppet Master", que ha estado manipulado la mente de la gente para sus oscuros propósitos.
A medida que Kusanagi se adentra en el mundo de la cyberdelincuencia, comienza a cuestionarse su propia existencia y la naturaleza de la vida. Sus ciber-implantes le otorgan habilidades sobrehumanas, pero también la desconectan de lo que significa ser humano. Con la ayuda de su equipo, incluidos su compañero Batou y el despiadado jefe de la Sección 9, Kusanagi debe desentrañar una conspiración que la lleva a confrontar su propia identidad y sus recuerdos, que a menudo parecen más fabricados que reales.
En esta búsqueda de respuestas, la protagonista enfrenta dilemas filosóficos profundos sobre la vida, el amor y la conciencia, mientras se enfrenta a un enemigo que desafía las reglas del control humano. La película destaca no solo por su impresionante animación y dirección, sino también por su exploración de temas complejos que resuenan en la era digital actual.