Una historia que encierra misterios que atraerán a los corazones aventureros. Nuestro héroe encuentra finalmente su alma gemela, el misterioso ladrón Kaito Kid. Afrontando el reto de Kid; Conan y su amigo Heiji intentan proteger el último tesoro de la Dinastía rusa de los Romanov, los Huevo Imperiales de Pascua. Sin embargo, Magic Kid con su fantástica técnica para el robo los hace confundir y consigue robar el "Huevo de la Memoria". Mientras Kid se aleja en su artefacto, de repente un asesino en serie interrumpe su huida, le persigue y consigue derribarlo.

En el año 2029, las barreras de nuestro mundo han sido desglosadas por la red y por la cibernética, pero esto trae nueva vulnerabilidad a los humanos en forma de hacking cerebral. Cuando un hacker altamente deseado conocido como "The Puppetmaster" comienza a involucrarlos en la política, Sección 9, un grupo de policías mejorados cibernéticamente, son llamados a investigar y detener el Puppetmaster.