En el siglo XVII, dos misioneros jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francisco Garupe, viajan desde Portugal a Japón con la esperanza de encontrar a su mentor, el padre Ferreira, quien ha desaparecido tras la ola de persecuciones contra cristianos. A medida que se adentran en el país, se enfrentan no solo a un entorno hostil, sino también a dilemas de fe y resistencia. La narrativa gira en torno a la búsqueda de pruebas de la fe en un mundo donde las creencias son perseguidas brutalmente y las personas se ven obligadas a pisotear su propia religión para sobrevivir.