En el siglo XVII, dos misioneros jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francisco Garupe, viajan desde Portugal a Japón con la esperanza de encontrar a su mentor, el padre Ferreira, quien ha desaparecido tras la ola de persecuciones contra cristianos. A medida que se adentran en el país, se enfrentan no solo a un entorno hostil, sino también a dilemas de fe y resistencia. La narrativa gira en torno a la búsqueda de pruebas de la fe en un mundo donde las creencias son perseguidas brutalmente y las personas se ven obligadas a pisotear su propia religión para sobrevivir.
Rodrigues y Garupe, arriesgándolo todo, intentan ayudar a un pequeño grupo de cristianos que viven en secreto, enfrentando la opresión de los señores feudales y la cruel determinación del régimen japonés. A medida que los dos hombres se ven atrapados entre su fe ferviente y la esperanza desvanecida de sus feligreses, sus convicciones son puestas a prueba de maneras que nunca imaginaron. Rodrigues, en particular, se enfrenta a la silenciosa presencia de Dios en su vida y en los momentos más críticos, se pregunta si la fe realmente puede resistir las pruebas del sufrimiento y la traición. En un viaje lleno de introspección, dolor y revelaciones, los misioneros deben encontrar el camino que les permita reconciliar su creencia con la dura realidad que les rodea, mientras la voz de su fe parece apagarse en el silencio del sufrimiento humano.