En un emocionante rincón del mundo ninja, Naruto Uzumaki, el joven y enérgico ninja con la mirada de un héroe, se embarca en una nueva y peligrosa aventura. Esta vez, se encuentra en el pueblo oculto de Takigakure, donde piratas de agua amenazan con desatar el caos y la desesperación. Al llegar, Naruto descubre que el pueblo está bajo el yugo de un temible villano que busca la manera de apoderarse de la poderosa agua de la cascada sagrada, una fuente que otorga fuerza a los ninjas que la utilizan.

En un giro inesperado de los eventos, Conan Edogawa y sus amigos se sumergen en un misterioso juego de realidad virtual que los lleva directamente a la Londres victoriana. La trama comienza cuando los chicos descubren un programa que les permite conectarse a un mundo inspirado en las novelas de Sherlock Holmes. Sin embargo, lo que parecía ser una divertida aventura se convierte en una pesadilla cuando un malvado fantasma, que se hace llamar "el espíritu de Baker Street", comienza a acecharlos dentro del juego.

En un rascacielos de Tokio, un grupo de personajes se reúne para celebrar la inauguración de un nuevo y espectacular edificio diseñado por un famoso arquitecto. Entre ellos, se encuentra el joven detective Conan Edogawa, quien, a pesar de su apariencia infantil, no puede resistir la tentación de investigar un misterioso mensaje que sugiere que algo oscuro se cierne sobre la celebración.

Cuando una serie de asesinatos impactan a la ciudad, Conan Edogawa se ve arrastrado a una trama oscura llena de misterio y peligro. Todo comienza con la aparición de una bella joven llamada Shiho Miyano, quien posee un enigmático pasado vinculado a la organización secreta conocida como la "Organización Negra". Al mismo tiempo, un nuevo asesino ha comenzado a eliminar un listado de personas misteriosas, y lo único que se interpone entre él y sus objetivos es Conan, que lucha por descubrir la verdad antes de que más vidas se pierdan.