Cuando una serie de asesinatos impactan a la ciudad, Conan Edogawa se ve arrastrado a una trama oscura llena de misterio y peligro. Todo comienza con la aparición de una bella joven llamada Shiho Miyano, quien posee un enigmático pasado vinculado a la organización secreta conocida como la "Organización Negra". Al mismo tiempo, un nuevo asesino ha comenzado a eliminar un listado de personas misteriosas, y lo único que se interpone entre él y sus objetivos es Conan, que lucha por descubrir la verdad antes de que más vidas se pierdan.
Mientras Conan intenta desentrañar el misterio, se da cuenta de que sus amigos y seres queridos también están en peligro. La presión aumenta cuando Shiho se convierte en un blanco accidental, lo que lo obliga a protegerla mientras intenta desenmarañar los hilos que conectan los asesinatos con su propia realidad. Convirtió un simple paseo por la ciudad en una frenética carrera contra el tiempo.
Las pistas y enfrentamientos en la película llevan a giros inesperados, y cada paso que da Conan lo acerca más a una verdad aterradora que desafía no solo su ingenio, sino también su moralidad. Mientras deslumbra en su papel de detective, también enfrenta dilemas personales que lo hacen cuestionarse hasta dónde está dispuesto a llegar para salvar a aquellos a quienes ama. Con un desenlace explosivo y lleno de tensión, esta historia de misterio y acción mantiene a los espectadores al borde de sus asientos hasta el último minuto.