En esta emocionante aventura, Conan Edogawa y sus amigos se embarcan en un viaje en un lujoso submarino, donde la tranquilidad es solo una ilusión. Lo que comienza como una escapada de lujo rápidamente se convierte en una pesadilla cuando un misterioso ataque sumerge el barco en el caos. Durante el viaje, aparece un cadáver y todos a bordo se convierten en sospechosos. Conan, con su inigualable habilidad para resolver misterios, debe desentrañar una compleja trama llena de engaños y secretos antes de que sea demasiado tarde.

En un apacible suburbio japonés, una adolescente llamada Makoto descubre una habilidad extraordinaria: puede retroceder en el tiempo. Un día, tras un accidente inesperado, se encuentra con un extraño y sorprendente poder que le permite revivir momentos y cambiar decisiones que no salieron como esperaba. Al principio, la utiliza para resolver problemas triviales, como mejorar su desempeño en el colegio o evitar situaciones embarazosas. Sin embargo, pronto se da cuenta de que los viajes temporales tienen consecuencias imprevistas.

En el corazón de Kioto, un misterioso asesinato sacude la tranquilidad de la ciudad. Conan Edogawa, el joven detective, y sus amigos llegan a la antigua ciudad para participar en un torneo de artes marciales. Sin embargo, su viaje pronto se convierte en una investigación trepidante cuando un famoso maestro de kendo es encontrado muerto. La escena del crimen no solo está repleta de pistas confusas, sino que también tiene un vínculo con un antiguo artefacto que guarda un oscuro secreto.

Cuando una serie de asesinatos impactan a la ciudad, Conan Edogawa se ve arrastrado a una trama oscura llena de misterio y peligro. Todo comienza con la aparición de una bella joven llamada Shiho Miyano, quien posee un enigmático pasado vinculado a la organización secreta conocida como la "Organización Negra". Al mismo tiempo, un nuevo asesino ha comenzado a eliminar un listado de personas misteriosas, y lo único que se interpone entre él y sus objetivos es Conan, que lucha por descubrir la verdad antes de que más vidas se pierdan.