Los hombres de negro confunden a Sonoko con Haibara, debido a esto intentarán atentar contra su vida. Por otro lado en el rascacielos donde casualmente están Conan, Ran, Ai, los niños, etc. ponen una bomba y se quedarán atrapados en él.
Todo comienza con una serie de asesinatos, los cuales parecen estar todos relacionados con la policía. De está forma el Inspector Megure, Kogoro y Conan comienzan a investigar. Pero sin querer Ran también se ve envuelta en todo este lío, al presenciar el intento de asesinato de la siguiente victima, que no es ni más ni menos que Sato (una de las inspectoras). El problema es que Ran pierde la memoria y no recuerda al culpable.
Una historia que encierra misterios que atraerán a los corazones aventureros. Nuestro héroe encuentra finalmente su alma gemela, el misterioso ladrón Kaito Kid. Afrontando el reto de Kid; Conan y su amigo Heiji intentan proteger el último tesoro de la Dinastía rusa de los Romanov, los Huevo Imperiales de Pascua. Sin embargo, Magic Kid con su fantástica técnica para el robo los hace confundir y consigue robar el "Huevo de la Memoria". Mientras Kid se aleja en su artefacto, de repente un asesino en serie interrumpe su huida, le persigue y consigue derribarlo.
La historia tiene lugar en un restaurante submarino llamado "Aqua Crystal" que se asemeja a una base espacial futurista. Los hombres y mujeres que se han dado cita en el restaurante son, entre otros, una hermosa modelo, un locutor de televisión así como Conan. Mientras disfrutan de un exquisito y delicioso vino durante la cena, los comensales del restaurante desconocen que su vida está en peligro y que están amenazados por un loco asesino en serie. Este psicópata asesino cumple sus planes de forma impecable y ordenada.
Tras resolver el caso de asesinato de Taizo Kurokawa, Conan se reúne con el Prof. Agasa. Allí Conan revisa la correspondencia de su casa y encuentra una invitación del arquitecto Teiji Moriya para Shinichi Kudo. Al no no poder asistir como Shinichi, Conan decide llamar a Ran para que ella se haga presente en la fiesta del Sr. Moriya. Ran acepta pero con la condición de reunirse a ver una película en el cine el sábado en la noche; ademas le pregunta cual es su color favorito ¿Azul o Rojo? y Conan le responde que el Rojo.
