Cuando una serie de asesinatos impactan a la ciudad, Conan Edogawa se ve arrastrado a una trama oscura llena de misterio y peligro. Todo comienza con la aparición de una bella joven llamada Shiho Miyano, quien posee un enigmático pasado vinculado a la organización secreta conocida como la "Organización Negra". Al mismo tiempo, un nuevo asesino ha comenzado a eliminar un listado de personas misteriosas, y lo único que se interpone entre él y sus objetivos es Conan, que lucha por descubrir la verdad antes de que más vidas se pierdan.