En una estricta escuela católica de Nueva York en 1964, la vida de los estudiantes y docentes se ve sacudida por el surgimiento de una inquietante sospecha. La hermana Aloysius Beauvier, una mujer de carácter fuerte y de convicciones firmes, se convierte en la voz de la duda cuando comienza a sospechar que el carismático padre Flynn, un sacerdote querido por los alumnos, está abusando de un estudiante.
