En una estricta escuela católica de Nueva York en 1964, la vida de los estudiantes y docentes se ve sacudida por el surgimiento de una inquietante sospecha. La hermana Aloysius Beauvier, una mujer de carácter fuerte y de convicciones firmes, se convierte en la voz de la duda cuando comienza a sospechar que el carismático padre Flynn, un sacerdote querido por los alumnos, está abusando de un estudiante. Aloysius, con su enfoque rígido y su aversión hacia la modernidad, decide tomar cartas en el asunto y se embarca en una misión para desenmascarar lo que considera una grave injusticia y una traición a la confianza de la comunidad escolar.
Sin embargo, las cosas no son tan simples. A medida que Aloysius profundiza en su investigación, se enfrenta a la resistencia del propio padre Flynn, quien defiende su inocencia y la importancia de la compasión y la comprensión en la educación. La tensión entre ambos se intensifica, llevando a un enfrentamiento moral que cuestiona la naturaleza de la verdad y la autoridad.
La hermana James, una joven docente que admira a Flynn, se encuentra atrapada en medio de este conflicto, tornándose un peón en el juego de poder y convicción que se desarrolla entre sus superiores. Con cada revelación, el filme desafía las percepciones de justicia y rectitud, llevando a los personajes y al público a una encrucijada donde la duda se convierte en la única certeza. Algunas decisiones pueden cambiarlo todo, incluso cuando la verdad parece inalcanzable.