En la Japón de finales del siglo XIX, la paz parece finalmente alcanzar al ex-samurái Kenshin Himura, quien ha colgado su espada para vivir una vida pacífica y proteger a aquellos que ama. Sin embargo, su tranquilidad se ve truncada cuando un nuevo y formidable enemigo aparece en escena: Makoto Shishio, un antiguo samurái que busca derrocar al gobierno Meiji y que no escatima en recursos para execute su plan. Con su ejército de guerreros deshonrados, Shishio lanza un asedio en Kyoto que pronto sumerge a la ciudad en el caos y la destrucción.