En la Japón de finales del siglo XIX, la paz parece finalmente alcanzar al ex-samurái Kenshin Himura, quien ha colgado su espada para vivir una vida pacífica y proteger a aquellos que ama. Sin embargo, su tranquilidad se ve truncada cuando un nuevo y formidable enemigo aparece en escena: Makoto Shishio, un antiguo samurái que busca derrocar al gobierno Meiji y que no escatima en recursos para execute su plan. Con su ejército de guerreros deshonrados, Shishio lanza un asedio en Kyoto que pronto sumerge a la ciudad en el caos y la destrucción.
En esta epicentro del conflicto, Kenshin debe enfrentarse a sus demonios internos mientras intenta proteger a sus seres queridos, incluyendo a su fiel compañera Kaoru y la familia que ha construido a su alrededor. Los viejos amigos y enemigos también reaparecen en este conflicto, como Saito, el astuto detective que busca justicia, y la entrañable banda de guerreros que en el pasado lucharon junto a él.
A medida que las llamas de la guerra devoran Kyoto, Kenshin se ve obligado a desenterrar su viejo yo, el legendario asesino conocido como el "Battosai", para confrontar a Shishio en una peligrosa batalla que no solo determinará el futuro de la nación, sino también el destino de su propio alma. La lucha por la redención y la búsqueda de un nuevo propósito se entrelazan en un relato épico lleno de acción, drama y un estilo visual impresionante.