En 1879, Kenshin y sus aliados se enfrentan a los enemigos más poderosos que jamás hayan conocido: su excuñado Enishi Yukishiro y sus secuaces, que juraron venganza.
Tras los acontecimientos relatados en “Kenshin, el guerrero samurai”, Kenshin Himura vive retirado, fiel a su juramento de no volver a empuñar la espada; pero la aparición de un misterioso villano que amenaza con derrocar al gobierno hará que el protagonista replantee su postura. Rurôni Kenshin: Kyoto taika-hen es el primer segmento del espectacular díptico que concluirá las aventuras del guerrero.
El ascenso al poder del joven y sanguinario Lord Naritsugu supone una seria amenaza para la paz en el Japón feudal. Simplemente por ser el hermano del shogun, Lord Naritsugu está por encima de la ley, y asesina y viola a su antojo. Afligido por la masacre perpetrada por el sádico Naritsugu, el oficial Sir Doi contacta secretamente con el samurái Shinzaemon Shimada para acabar con Naritsugu. El noble samurái, indignado por la crueldad de Naritsugu, acepta de buen grado la peligrosa misión.
Una misteriosa epidemia de ceguera se propaga en todo un país. Las primeras víctimas son recluidas en un hospital sin recibir explicaciones. Entre ellas está una mujer que conserva la vista, pero lo mantiene en secreto para poder acompañar a su marido, que se ha quedado ciego. Dentro del hospital se impone la ley del más fuerte, lo que dará lugar a todo tipo de atrocidades. Mientras tanto, el caos y el terror dominan las calles. Adaptación de la novela "Ensayo sobre la ceguera", del Premio Nobel portugués José Saramago.
A mitad de camino entre el Cielo y la Tierra, los que acaban de morir son recibidos por unos guías que les ayudan a examinar sus recuerdos con el fin de rememorar un momento decisivo de sus vidas. Cada uno de los muertos debe escoger un único recuerdo para que sea plasmado en una película y poder así llevarlo con ellos cuando vayan al Cielo.