En 1879, Kenshin y sus aliados se enfrentan a los enemigos más poderosos que jamás hayan conocido: su excuñado Enishi Yukishiro y sus secuaces, que juraron venganza.

Tras los acontecimientos relatados en “Kenshin, el guerrero samurai”, Kenshin Himura vive retirado, fiel a su juramento de no volver a empuñar la espada; pero la aparición de un misterioso villano que amenaza con derrocar al gobierno hará que el protagonista replantee su postura. Rurôni Kenshin: Kyoto taika-hen es el primer segmento del espectacular díptico que concluirá las aventuras del guerrero.

Kenshin Himura (Takeru Sato) es un famoso samurái conocido por su destreza con la katana y su frialdad a la hora de matar. En el pasado estuvo al servicio de los Ishin Shishi, un grupo de patriotas que luchaban para devolver el poder al Emperador, librando cientos de batallas y cobrándose muchas vidas. Pero tras terminar todos los enfrentamientos, jura no volver a matar y decide pasar al anonimato para dedicarse a viajar por el país como un vagabundo ayudando a quien lo necesite, como penitencia por todas las muertes que provocó.