En la Japón de finales del siglo XIX, la paz parece finalmente alcanzar al ex-samurái Kenshin Himura, quien ha colgado su espada para vivir una vida pacífica y proteger a aquellos que ama. Sin embargo, su tranquilidad se ve truncada cuando un nuevo y formidable enemigo aparece en escena: Makoto Shishio, un antiguo samurái que busca derrocar al gobierno Meiji y que no escatima en recursos para execute su plan. Con su ejército de guerreros deshonrados, Shishio lanza un asedio en Kyoto que pronto sumerge a la ciudad en el caos y la destrucción.

En un mundo desgarrado por la violencia y el caos, los sobrevivientes del brutal juego del año anterior continúan lidiando con sus traumas mientras el gobierno japonés impone un régimen autoritario. Un grupo de exjugadores, entre ellos, el protagonista, intenta reunir fuerzas para combatir un sistema que los considera meros peones. La tensión aumenta cuando el gobierno lanza una nueva edición del juego, buscando atraer a más jóvenes a sus crueles dinámicas.