En la Japón de finales del siglo XIX, la paz parece finalmente alcanzar al ex-samurái Kenshin Himura, quien ha colgado su espada para vivir una vida pacífica y proteger a aquellos que ama. Sin embargo, su tranquilidad se ve truncada cuando un nuevo y formidable enemigo aparece en escena: Makoto Shishio, un antiguo samurái que busca derrocar al gobierno Meiji y que no escatima en recursos para execute su plan. Con su ejército de guerreros deshonrados, Shishio lanza un asedio en Kyoto que pronto sumerge a la ciudad en el caos y la destrucción.

En un mundo donde el honor y la lealtad se juegan en las calles, un nuevo estudiante llamado Genji Takiya se encuentra en medio del turbulento ambiente de un instituto lleno de pandillas. Genji, un chico problemático pero con un sentido inquebrantable de la justicia, se ha trasladado a esta escuela, conocida por ser un campo de batalla constante entre grupos rivales que luchan por el control.