En 1879, Kenshin y sus aliados se enfrentan a los enemigos más poderosos que jamás hayan conocido: su excuñado Enishi Yukishiro y sus secuaces, que juraron venganza.
Antes de convertirse en protector, Kenshin era un temido asesino conocido como Battosai. Pero, al conocer a la gentil Tomoe Yukishiro, su historia empieza a cambiar.
Tras los acontecimientos relatados en “Kenshin, el guerrero samurai”, Kenshin Himura vive retirado, fiel a su juramento de no volver a empuñar la espada; pero la aparición de un misterioso villano que amenaza con derrocar al gobierno hará que el protagonista replantee su postura. Rurôni Kenshin: Kyoto taika-hen es el primer segmento del espectacular díptico que concluirá las aventuras del guerrero.
Kenshin Himura (Takeru Sato) es un famoso samurái conocido por su destreza con la katana y su frialdad a la hora de matar. En el pasado estuvo al servicio de los Ishin Shishi, un grupo de patriotas que luchaban para devolver el poder al Emperador, librando cientos de batallas y cobrándose muchas vidas. Pero tras terminar todos los enfrentamientos, jura no volver a matar y decide pasar al anonimato para dedicarse a viajar por el país como un vagabundo ayudando a quien lo necesite, como penitencia por todas las muertes que provocó.
El ascenso al poder del joven y sanguinario Lord Naritsugu supone una seria amenaza para la paz en el Japón feudal. Simplemente por ser el hermano del shogun, Lord Naritsugu está por encima de la ley, y asesina y viola a su antojo. Afligido por la masacre perpetrada por el sádico Naritsugu, el oficial Sir Doi contacta secretamente con el samurái Shinzaemon Shimada para acabar con Naritsugu. El noble samurái, indignado por la crueldad de Naritsugu, acepta de buen grado la peligrosa misión.
