En una tranquila y olvidada ciudad de California, un humano llamado Gary, junto a su novia Mary, decide hacer un viaje a Los Ángeles para celebrar su décimo aniversario. Sin embargo, Gary tiene un secreto que no ha compartido: es un gran fan de los Muppets, especialmente de su amigo Kermit. Mientras exploran la ciudad, Gary descubre que el antiguo estudio de los Muppets está en peligro de ser demolido por un avaro magnate llamado Tex Richman, quien planea extraer petróleo del lugar.

En un mundo donde la vida extraterrestre se esconde a plena vista, nuestro agente favorito, J, disfruta de una vida tranquila en la agencia, pero no puede evitar sentirse nostálgico por su antigua pareja. Años después de haber destruido casi una amenaza intergaláctica, un nuevo peligro se cierne sobre la Tierra: una peligrosa villana extraterrestre llamada Serleena, quien busca apoderarse de un misterioso artefacto capaz de otorgar un poder inimaginable. Para detenerla, J debe buscar la ayuda de K, su antiguo compañero, quien ha sido neuralizado y se ha retirado de la vida como agente.

En un mundo donde la conspiración y lo inexplicable se cruzan constantemente, dos agentes del FBI, Mulder y Scully, se embarcan en una peligrosa misión que los lleva a desenterrar oscuros secretos del gobierno. Después de que varias desapariciones misteriosas y avistamientos de ovnis salpican el territorio estadounidense, Mulder, un ferviente creyente en lo paranormal, cree firmemente que hay algo más allá de la lógica. Scully, por otro lado, es la escéptica fría y analítica, traída para desacreditar las teorías de su compañero.