En un mundo donde la vida extraterrestre se esconde a plena vista, nuestro agente favorito, J, disfruta de una vida tranquila en la agencia, pero no puede evitar sentirse nostálgico por su antigua pareja. Años después de haber destruido casi una amenaza intergaláctica, un nuevo peligro se cierne sobre la Tierra: una peligrosa villana extraterrestre llamada Serleena, quien busca apoderarse de un misterioso artefacto capaz de otorgar un poder inimaginable. Para detenerla, J debe buscar la ayuda de K, su antiguo compañero, quien ha sido neuralizado y se ha retirado de la vida como agente.
Con el tiempo de la Tierra en juego, J se embarca en una misión épica para recuperar la memoria de K y reactivar su instinto de agente. Juntos, deberán navegar por un complicado entramado de intrigas alienígenas, utilizando toda la tecnología y las armas que pueden encontrar. A medida que van desentrañando la trama de Serleena, los dos hombres se enfrentan a situaciones absurdas y peligrosas, pero siempre con un toque de humor característico de la serie. Mientras tanto, una adorable agente novata se une a la causa, aportando su propio sabor al equipo. Con una mezcla de acción, risas y un vistazo a la vida secreta de extraterrestres entre nosotros, esta aventura nos recuerda que, aunque los recuerdos puedan perderse, la amistad verdadera siempre encontrará la manera de prevalecer. ¡Los hombres de negro están de regreso!