En un mundo donde la vida extraterrestre se esconde a plena vista, nuestro agente favorito, J, disfruta de una vida tranquila en la agencia, pero no puede evitar sentirse nostálgico por su antigua pareja. Años después de haber destruido casi una amenaza intergaláctica, un nuevo peligro se cierne sobre la Tierra: una peligrosa villana extraterrestre llamada Serleena, quien busca apoderarse de un misterioso artefacto capaz de otorgar un poder inimaginable. Para detenerla, J debe buscar la ayuda de K, su antiguo compañero, quien ha sido neuralizado y se ha retirado de la vida como agente.