En la España de 1944, Ofelia, una niña de once años con una imaginación desbordante, se traslada junto a su madre, Carmen, a un molino en medio de un bosque, donde viven bajo el mando del despiadado Capitán Vidal, un oficial franquista obsesionado con eliminar cualquier resistencia. La vida de Ofelia es un verdadero caos entre la crueldad del régimen militar y su intento de adaptarse a un nuevo hogar, pero todo cambia cuando descubre un laberinto secreto cerca de su casa. Allí, se encuentra con un fauno enigmático que le revela que es la reencarnación de una princesa perdida.