En la España de 1944, Ofelia, una niña de once años con una imaginación desbordante, se traslada junto a su madre, Carmen, a un molino en medio de un bosque, donde viven bajo el mando del despiadado Capitán Vidal, un oficial franquista obsesionado con eliminar cualquier resistencia. La vida de Ofelia es un verdadero caos entre la crueldad del régimen militar y su intento de adaptarse a un nuevo hogar, pero todo cambia cuando descubre un laberinto secreto cerca de su casa. Allí, se encuentra con un fauno enigmático que le revela que es la reencarnación de una princesa perdida. Para regresar a su reino subterráneo, Ofelia debe completar tres peligrosas pruebas que pondrán a prueba su valor y su naturaleza.
Mientras Ofelia se adentra en un mundo lleno de fantasía y peligro, su madre lucha contra el embarazo y la enfermedad, mientras que el Capitán Vidal amenaza con desmantelar cualquier signo de oposición. A medida que la violencia y la crueldad del mundo real se intensifican, Ofelia se enfrenta a monstruos de su imaginación y a las realidades que la rodean. Atrapada entre la fantasía y la brutalidad del mundo de los adultos, la pequeña debe elegir entre cumplir con las demandas del fauno o intentar proteger a su madre. La historia entrelaza la lucha por la supervivencia con la búsqueda de la esperanza, mostrando cómo la inocencia puede ser un refugio en tiempos oscuros.