Neo y sus aliados corren contra el tiempo antes de que las máquinas descubran la ciudad de Zion y la destruyan. Mientras busca la verdad sobre la Matrix, Neo debe salvar a Trinity de un oscuro destino.
La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas mientras Neo lucha por terminar la guerra en otro frente y también se opone al agente Smith.
En el año 2050 la Tierra está al borde de un desastre ecológico global y el Proyecto de Terraformación de Marte ha sido creado con la esperanza de poder crear allí una nueva civilización humana. Pero el proyecto peligra por causas desconocidas. La comandante Kate Bowman dirigirá una misión al planeta del sistema solar, encargada de intentar reactivar la terraformación e investigar las causas que lo impiden.
A Lansquenet, un pueblo francés muy tradicional, donde nada ha cambiado en los últimos cien años, el Viento del Norte lleva consigo a dos forasteras: Vianne Rocher y su hija Anouk. Vianne inaugura una chocolatería repleta de dulces capaces de despertar los ocultos apetitos de los habitantes del pueblo. Posee, además, un don especial que le permite percibir los deseos de los demás y satisfacerlos con el dulce exacto.