En medio de un viaje por carretera, la famosa pandilla de Mystery Inc. se encuentra con un extraño fenómeno en el cielo: luces misteriosas que titilan en la oscuridad. Curiosos como siempre, deciden investigar y, tras una serie de eventos extraordinarios, terminan en una pequeña ciudad del desierto. Allí, los lugareños hablan sobre desapariciones y presencias alienígenas, lo que provoca que Shaggy y Scooby-Doo entren en pánico, mientras que Fred, Daphne y Vilma se muestran escépticos y decididos a resolver el misterio.