En medio de un viaje por carretera, la famosa pandilla de Mystery Inc. se encuentra con un extraño fenómeno en el cielo: luces misteriosas que titilan en la oscuridad. Curiosos como siempre, deciden investigar y, tras una serie de eventos extraordinarios, terminan en una pequeña ciudad del desierto. Allí, los lugareños hablan sobre desapariciones y presencias alienígenas, lo que provoca que Shaggy y Scooby-Doo entren en pánico, mientras que Fred, Daphne y Vilma se muestran escépticos y decididos a resolver el misterio.
La situación se complica cuando los chicos se topan con una auténtica nave espacial y son testigos de un encuentro cercano con seres de otro planeta. En lugar de los temibles extraterrestres que esperaban, descubren que estos alienígenas son amigables y están tan perdidos como ellos en busca de su hogar. La trama se enreda aún más cuando un grupo de villanos conocidos intenta aprovecharse de la situación, creando caos con sus malévolos planes.
Con la ayuda de sus nuevos amigos intergalácticos y un poco de ingenio, la pandilla se embarca en una emocionante aventura para detener a los villanos y ayudar a los alienígenas a regresar a su hogar. Humor, acción y giros inesperados llenan el aire mientras la amistad y la valentía brillan en medio de este cósmico enredo. ¿Podrán Scooby y la pandilla salvar el día una vez más?