Después de la derrota de su antiguo archienemigo, Shredder, las Tortugas se han distanciado como familia. Pero una vez que las tortugas se volvieron a juntarse, comienzan a suceder extrañas sucesos en la ciudad de Nueva York.

Cuando Scooby y la cuadrilla se atrapan en un videojuego creado para ellos, deben luchar contra el 'Virus del Fantasma'. Para evitar el juego deben ir el nivel por el nivel y derrotar el juego de una vez para siempre.