Después de la derrota de su antiguo archienemigo, Shredder, las Tortugas se han distanciado como familia. Pero una vez que las tortugas se volvieron a juntarse, comienzan a suceder extrañas sucesos en la ciudad de Nueva York.
Tres historias diferentes cobran vida en esta secuela de la exitosa aventura de Disney. Explorer Milo Thatch, su nuevo amor, la reina Kida, y el resto del equipo se están preparando para reconstruir la ciudad submarina. Pero el problema surge. Aprovechando el poder del cristal de la Atlántida, los aventureros se dispusieron a defender su reino contra las fuerzas oscuras que amenazan con la arena, el mar y la nieve.
Directamente de los creadores de la trilogía de Matrix, esta colección de películas cortas de animación de los principales directores de anime del mundo fusiona gráficos de computadora y anime japonés para proporcionar el fondo del universo Matrix y el conflicto entre el hombre y las máquinas. Los cortometrajes incluyen, el vuelo final del Osiris, el segundo renacimiento, historia del niño, programa, expediente del mundo, más allá, una historia del detective y matriculado.