Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.
¡La luna se acerca peligrosamente a la tierra! A menos que se haga algo, la luna se desintegrará bañando a la tierra con meteoritos gigantes. El reloj marca el final del mundo, ¿Podrá Naruto salvar a la tierra de esta crisis? ¡El capítulo final de Naruto se revela! Esta cinta llena el vacío que dejó el final del manga y va más allá de la historia original.
La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.
Se están preparando los Exámenes Chūnin en la Aldea de la Arena a pesar de los sucesos de la 4º Guerra Ninja, este tiene como objetivo reforzar las fuerzas de la Alianza Shinobi, Gaara felicita a los que han pasado a la 2º ronda de los exámenes chūnin, quienes entre ellos están el Equipo Ebisu, Naruto Uzumaki y chicos de Suna, Iwa y Kumo están participando en el examen, quienes están asombrados de que Naruto esté en esa prueba; en total son 10 participantes.
Después de ser capturado por el intento de asesinar al líder de Kumogakure, el Raikage, y el asesinato de varios Jonin de Kirigakure e Iwagakure, Naruto es encarcelado en una instalación de contención penal también conocida como la prisión de la sangre. El capitán del castillo, Mui, usa el jutsu de prisión máxima para robar el poder de los prisioneros. La batalla para demostrar su inocencia y descubrir la verdad ha comenzado para Naruto y sus amigos.
¡¡Naruto atraviesa el espacio y el tiempo para encontrarse con el Cuarto Hokage, Namikaze Minato!!. ¡Un gran poder es desatado! ¡¡Naruto viaja al pasado!!.
Cronológicamnte se encuentra situada entre los episodios 72 y 73. La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como es la única aldea que no es afectada por estos sucesos, Konohagakure es señalada como la causante de este incidente, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión.
Cuando un misterioso grupo de Shinobi realiza un ataque sorpresa sobre Konoha, la villa queda en ruinas después del ataque. Hasta entonces surge la posibilidad de que otra guerra shinobi pudiera desatarse. Mientras tanto, Sasuke -que abandonó a Kanoha para vengar a su clan por la muerte de su hermano Itachi- reaparece con sus amigos por segunda vez.
Demonios que una vez destruyeron el mundo han sido revividos por alguien, de la unica manera de controlar a los demonios es sellandolos y la persona que lo puede hacer es shrine maiden Shion del Pais de los demonios quien tiene dos poderes, uno para sellar los demonios y el otro es predecir la muerte de los Humanos. La mision de Naruto es cuidar de Shion pero ella predice la muerte de Naruto.
La historia o trama de la película cuenta el viaje de un príncipe del País de la Luna, situado en la isla de la luna creciente, en un mar meridional, que tiene que volver de nuevo a su casa. Este será escoltado por Naruto, Kakashi, Sakura y Rock Lee. El Príncipe acaba de comprar un circo (entero) para llevárselo a la isla, y es por eso que el grupo de Kakashi tendrá que hacer todo lo posible para que el príncipe y su gran compra llegue sin problemas a la isla. Pero como no, un grupo de tres ninjas de lo más misteriosos los pondrán en apuros.
